Model homologi juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi perbedaan halus antara protein terkait yang belum semuanya diselesaikan secara struktural . Misalnya, metode ini digunakan untuk mengidentifikasi situs pengikatan kation pada Na+/K+ ATPase dan untuk mengajukan hipotesis tentang afinitas pengikatan ATPase yang berbeda..
Untuk apa model homologi digunakan?
Pemodelan homologi merupakan salah satu metode prediksi struktur komputasi yang digunakan untuk menentukan struktur 3D protein dari urutan asam amino. Ini dianggap sebagai metode prediksi struktur komputasi yang paling akurat. Ini terdiri dari beberapa langkah yang mudah dan mudah diterapkan.
Apa itu pemodelan homologi dan mengapa dibutuhkan?
Pemodelan homologi memperoleh struktur tiga dimensi dari protein target berdasarkan kesamaan antara template dan urutan target dan teknik ini terbukti efisien dalam mempelajari protein membran yang sulit untuk mengkristal seperti GPCR karena memberikan tingkat pemahaman yang lebih tinggi tentang …
Bagaimana cara membuat model homologi?
ada beberapa langkah yang terlibat dalam pemodelan homologi
- pemilihan template menggunakan urutan target Anda. Untuk tujuan ini, Anda dapat melakukan pencarian BLASTp terhadap semua struktur protein yang tersedia (PDB). …
- Penjajaran template dan urutan target. …
- Kualitas model Anda. …
- Penyempurnaanmodel Anda sesuai.
Apa yang membuat Pemodelan homologi yang baik?
Jika kita mendefinisikan "model homologi yang sangat sukses" sebagai model yang memiliki <=2 rmsd dari struktur empiris, maka templat harus memiliki >=60% identitas urutan dengan target keberhasilan tingkat >70%. Bahkan pada identitas urutan tinggi (60%-95%), sebanyak satu dari sepuluh model homologi memiliki rmsd >5 vs.
