Artefak dimer primer biasanya muncul pada jumlah siklus ambang yang besar (biasanya > 35 siklus), yang lebih tinggi dari nomor siklus ambang untuk amplikon yang diinginkan. Dimer primer meningkat tajam ketika DNA genom heterolog ditambahkan.
Di mana Anda akan melihat dimer primer pada gel DNA?
Dalam PCR titik akhir non-kuantitatif, dimer primer akan muncul sebagai apusan yang kurang lebih samar pada gel agarosa, di bawah pita produk yang diinginkan.
Bagaimana dimer primer terbentuk?
Dimer primer terbentuk ketika dua primer mengikat satu sama lain, bukan ke DNA template, karena daerah komplementaritas primer.
Bagaimana cara mendeteksi dimer primer?
Cara termudah untuk memeriksa primer-dimer adalah membandingkan reaksi Anda dengan kontrol negatif Anda (air, bukan DNA atau RNA). Dimer primer masih akan terbentuk pada kontrol negatif. Beberapa set primer lebih cenderung membentuk dimer daripada yang lain.
Mengapa primer dimer muncul?
Sebagian besar dimer primer terlihat karena konsentrasi primer yang tinggi dalam campuran reaksi PCR. Atau jika tidak ada amplifikasi PCR dan dapat dilihat pada primer dimer pada gel agarosa. Jika dapat melihat produk PCR maka Anda dapat mengurangi konsentrasi prima dan menjaga kondisi lainnya tetap sama.
